Väga mõjukas artikkel, milles väideti, et on tuvastatud konkreetsed mikroobide tunnused, mis on seotud erinevate inimvähivormidega, on tagasi võetud pärast seda, kui ajakirja toimetajad leidsid, et järeldused ei ole põhjendatud.
Uuringus kasutati masinõppe algoritme, et tuvastada seoseid konkreetsete, inimkehas elavate mikroorganismide ning vähktõve esinemise ja tüübi vahel, kusjuures mõnikord oli täpsus peaaegu 100%. Töö, mis avaldati ajakirjas Nature 2020. aastal, tõi kaasa mitmeid järeluuringuid teiste rühmade poolt, samuti ettevõtte, mille eesmärk on muuta tulemused vähi varajase diagnoosimise vahenditeks. Kuid tulemused sattusid kontrolli alla pärast seda, kui kriitikud väitsid, et töö meetodites on vigu, mistõttu ajakiri avaldas veebruaris esmalt toimetuse märkuse ja lõpuks tõmbas töö tänaseks tagasi.
"Tõstatatud küsimuste ja autorite vastuste avaldamisjärgne eksperdihinnang kinnitas, et mõned artikli järeldused on mõjutatud ja vastavad järeldused ei ole enam põhjendatud," seisab Nature'i tagasivõtmise teates. Kõik autorid nõustusid otsusega, lisatakse.
Autor Rob Knight, California San Diego ülikooli mikrobioloog ja mikrobioomiuuringute juht, ütleb ScienceInsiderile saadetud e-kirjas siiski: "Meie uurimisrühm usub, et Nature'i 2020. aasta algse käsikirja peamised järeldused mikrobioomi võime kohta eristada kasvajatüüpe on tõesed. Ootame selle seisukoha edasist illustreerimist tulevastes uuringutes, kus kasutatakse täiustatud metoodikat ja põhjalikumaid andmekogumeid."
Tagasivõtmisel on juba kaskaadina mõju teistele teadusuuringutele. Riikliku vähiinstituudi teadlane Eytan Ruppin, kes kasutas 2020. aasta paberi andmestikku 2022. aastal ajakirjas Nature Communications ilmunud uuringus, ütles eelmisel aastal, et ootab ära, kuidas süüdistused arenevad. Nüüd ütleb ta ScienceInsiderile, et tema meeskonnal on "sobiv aeg" tegutseda. "Minu eesmärk on võtta ajakirjaga ühendust ja arutada nendega kahte põhilist võimalust - kas teha [meie] analüüs parandatud andmetega uuesti või võtta meie töö tagasi."
2020. aasta Nature'i uuringus võrdlesid Knight ja kolleegid vähihaigete inimeste vere- ja koeproovide ning mõnede vähivabade inimeste proovide DNA andmebaasi enamiku teadaolevate mikroobide DNA andmebaasiga. Kasutades masinõppe algoritme, töötasid teadlased välja arvutimudelid, mis võiksid teoreetiliselt vereproovi põhjal ennustada vähktõve olemasolu ja selle tüüpi.
2019. aastal asutasid Knight ja töö esimene autor Greg Sepich-Poore koos ettevõtte Micronoma, et teadustööd kommertsialiseerida. Micronoma kogus miljoneid rahalisi vahendeid ja töötas välja eksperimentaalse kopsuvähi vereanalüüsi, mida loodeti viia kliinilistesse uuringutesse - test sai eelmisel aastal USA toidu- ja ravimiametilt "läbimurdelise seadme" nimetuse, mis andis sellele läbivaatamise eelisjärjekorras.
Ühendkuningriigi teadlased märkasid aga Nature'i artikli tulemuste seas veidrusi. Knighti töörühm oli näiteks põievähki viitavate mikroobide hulgas loetletud merevetikabakterid - märk võimalikest probleemidest analüüsis. Eelmisel aastal avaldatud (ja nüüd mBio's avaldatud) preprintis läksid Ühendkuningriigi teadlased ja Johns Hopkinsi ülikooli arvutuslik bioloog Steven Salzberg veelgi kaugemale, kirjeldades üksikasjalikult "suuri andmeanalüüsi vigu".
Nende sõnul ei suutnud Knight'i rühm oma vähkkoe andmetest korralikult välja filtreerida inim-DNA-d, mistõttu miljonid inimjärjestused identifitseeriti valesti mikroobidena. Eraldi arvutuslik viga töörühma analüüsis tekitas kogemata andmetes fantoommustreid, mille tulemuseks olid näilised seosed vähi ja mikroobide vahel, kuigi neid ei olnud, kirjutasid Salzberg ja kolleegid.
Toona lükkasid Knight ja kolleegid kriitika tagasi, mis nende väitel ei muutnud põhimõtteliselt töö järeldusi. Kuid veebruaris lisas Nature artiklile märkuse, et "selles artiklis esitatud andmete ja järelduste kohta on tõstatatud kahtlusi". Otsus tõmmata artikkel välja pärast seda, kui ajakiri kaalus autorite täiendavaid vastuseid - sealhulgas eraldi ajakirjaartiklit, milles analüüsiti uuesti mõningaid 2020. aasta paberi andmeid.
Salzberg ütleb, et ta on otsusega rahul. "Kui ma sain aru, millised probleemid on paberis, tundsin, et ainus õige vastus oleks tõesti tagasivõtmine." Ka teised teadlased on reageerinud positiivselt. "On rahustav näha, et mured võeti arvesse ja autorid nõustusid tagasivõtmisega," ütleb bioinformaatik ja mikrobioloog Lesley Hoyles Nottingham Trent'i ülikoolist, kes ei olnud töös osalenud.
Leidude põhjal loodud tehnoloogia saatus on ebakindel. 2023. aastal ütles Sandrine Miller-Montgomery, Micronoma toonane president ja tegevjuht, ScienceInsiderile, et ettevõtte tooted ei ole mõjutatud ja et Micronoma on loonud "sõltumatu ja patenteeritud mikroobide andmebaasi". Siiski ei ole ettevõte alates eelmisest aastast oma veebisaidil uudiseid avaldanud ja Miller-Montgomery astus eelmisel sügisel tagasi. Tema järeltulija Eddie Adams postitas eelmisel kuul sotsiaalmeedias, et Micronoma "müüb maha suure hulga teaduslike seadmete" osana "laboriseadmete likvideerimisest". Adams ega ettevõte ei vastanud kommenteerimistaotlusele.
Teadlased rõhutasid, et tagasivõtmine ei muuda vähi mikrobioomiuuringuid tervikuna kehtetuks. "Tulemus ei tohiks kinnistada ei vastaseid ega kasvajate mikrobioomide pooldajaid," ütleb Ivan Vujkovic-Cvijin, Cedars-Sinai meditsiinikeskuse mikrobioomiteadlane Ivan Vujkovic-Cvijin.
Hoyles soovitab siiski, et see on hoiatav lugu selle kohta, et neid keerulisi meetodeid kasutavate uuringute suhtes ei tohi olla liiga kriitiline, soovitab Hoyles. "Mikrobioomikogukond peab olema avatud uurimistulemuste ümberhindamisele, kui meie arusaam erinevate bioinformaatika vahendite ja masinõppe meetodite piirangutest areneb," ütleb ta.
Lisateave: https://www.science.org/content/article/journal-retracts-influential-cancer-microbiome-paper
